La historia comienza en el siglo XVII, cuando Takagi Gennoshin Hideshige, tercer soke del Takagi Yoshin Ryu, se cruzó un día con un samurai llamado Ohkuni Kihei Shigenobu, experto en Kukishin Ryu y poseedor del Menkyo Kaiden del Chosui Ryu. Kihei lo buscó para poner a prueba sus propias habilidades, y lo que siguió fue un duelo que no tuvo un ganador claro: Gennoshin superó a Kihei en el lado desarmado, mientras que Kihei fue superior en el trabajo con el bastón.

Lejos de separarse como rivales, los dos decidieron quedarse. Intercambiaron técnicas, tomando los puntos fuertes de cada sistema para completar las artes del otro, y los dos soke se convirtieron en amigos cercanos. Fue una colaboración real, no ceremonial: ambos sistemas fueron reestructurados como resultado de ese intercambio.

Años después, Gennoshin enfermó y murió el 2 de octubre de 1702. Antes de morir, le pidió a Ohkuni que continuara enseñando esa nueva forma que habían creado juntos. Desde su lecho de muerte, le legó su escuela entera a Kihei, y fue así como el Kukishin Ryu y el Takagi Yoshin Ryu quedaron definitivamente entrelazados.

Ohkuni renombró ambas tradiciones como Hon Tai Takagi Yoshin Ryu y Hon Tai Kukishin Ryu, y las dividió nuevamente en dos ryu-ha separados para las generaciones siguientes. El Takagi Yoshin Ryu retuvo el bojutsu del Hon Tai Kukishin Ryu como parte permanente de su currículo.

La transmisión continuó por siglos hasta que en 1841, el samurai retirado Yagi Jigero Hisayashi abrió un dojo en Akashi, Hyogo, y otorgó el Menkyo Kaiden a tres estudiantes, entre ellos Fujita Togoro, quien a su vez tomó como alumno a Mizuta Yoshitaro. Fue Mizuta quien transmitió el estilo a Toshitsugu Takamatsu en agosto de 1908, y Takamatsu a su vez lo pasó a Masaaki Hatsumi en mayo de 1959, desde donde llegó al Bujinkan tal como se practica hoy.